一、褐腐病，又稱疣孢霉病
1、癥狀：初期其顏色較正常菇暗淡，無光澤，菇蓋表面凹凸不平，以后病菇上長出一層白色絨毛狀菌絲體和分生孢子，后期病菇上出現透明的暗褐色液滴，并伴有腐敗的臭味，最后病菇壞死，且呈濕腐狀。
2、溫度較高，濕度大時大量傳播。
3、防治方法：病菌對甲醛敏感，37%±1濃液加10倍水連續噴2-3次病區，可有效防治。
二、褐斑病，干泡病
1、癥狀：小菇或大菇形成一團干癟的灰白色菌塊，分不出菌蓋或菌柄，質地較干，無臭味，不腐爛。
2、15~18℃度時最易發病，通風不良易大面積發生。
3、防治方法：初期可噴2%濃度的甲醛溶液，面積大時可噴百菌清、代森鋅、多菌靈或施保功（sporgon）等效果很好。
三、蘑菇菌蓋斑點病，黑斑病
1、癥狀：病菌侵染蘑菇后，初期菇蓋表面凹凸不平，后出現圓形或不規則的斑點，最后染病部位凹陷。
2、發病菇一般可食用，商品價值低，不能出口。一般春季4~5月份發病最多，全國各地每年均發生，嚴重時造成減產或絕收。
3、防治方法同褐斑病。
四、細菌病害、病毒病害
一般溫度高、通風不良容易產生，癥狀和真菌病害外觀相似。防治方法以2%甲醛噴施，或用農用鏈霉素效果較好。
五、線蟲病害
1、線蟲危害后，菌絲萎縮，繼而培養料開始發黑，一般降產或絕收。線蟲一般有兩種，一是寄生線蟲，二是腐生線蟲。
2、據調查，上海郊區10個春菇房，線蟲發病率達100%，每克培養料線蟲數量最少為82條，最多達1132條，其中小桿線蟲最多。線蟲繁殖快，發生數量大，危害嚴重，對蘑菇產量影響較大，尤其是春菇產量高低往往與線蟲多少有關。福建有的菇房由于線蟲的危害而減產達70-90%。
3、發生規律：堆肥線蟲完成一代生活史在18℃、28℃時分別為10天和8天，25℃時繁殖速度最快，6個星期可增殖10萬倍。
4、防治方法：預防為主，綜合治理，菇床一旦發生后就很難根治。一是采取二次發酵，春菇棚要采用高溫悶棚殺蟲，甲醛液噴霧處理，溴甲烷熏蒸效果較好。
